Aktivitas Antibakteri dan Identifikasi Molekuler Kandidat Probiotik Lactococcus cremoris UBB7 Asal Saluran Pencernaan Ikan Beong (Hemibagrus nemurus) Berdasarkan Gen 16S rRNA
DOI:
https://doi.org/10.32734/jafs.v4i1.20041Keywords:
Aktivitas Antibakteri, Analisis Gen, Lactococcus cremoris, Isolat UBB7Abstract
Ikan beong memiliki potensi pasar yang menjanjikan sebagai produk perikanan, namun produksi ikan ini menghadapi beberapa tantangan, termasuk pertumbuhan yang lambat, sifat kanibalisme yang tinggi, sensitivitas tinggi terhadap kualitas air, dan sangat rentan terhadap penyakit. Pemberian bakteri probiotik yang dikembangkan dari saluran pencernaan ikan dapat mencegah resistensi bakteri. Sebelumnya, bakteri asam laktat (BAL) dengan kode UBB7 dari saluran pencernaan ikan beong telah berhasil diisolasi. Namun, konfirmasi akurat tentang sifat antibakteri dan identifikasi spesies isolat bakteri ini belum pernah ditemukan. Penelitian ini bertujuan untuk mengkonfirmasi sifat antibakteri dan mengidentifikasi spesies isolat UBB7 berdasarkan analisis gen 16S rRNA. Metode penelitian ini adalah pemurnian dan pewarnaan Gram isolat UBB7, ekstraksi, amplifikasi, elektroforesis dan sekuensing. Hasil pewarnaan Gram menunjukkan isolat UBB7 adalah bakteri Gram-positif berbentuk kokus dengan sifat antibakteri yang lebih kuat terhadap Streptococcus agalactiae dibandingkan dengan Aeromonas hydrophila (zona hambat 16,2 mm vs 14,1 mm). Nilai kemurnian DNA isolat UBB7 menunjukkan 1,98 (panjang gelombang/λ = 260/280) dan 3,72 (λ = 260/230) dan memiliki panjang 1412 pasang basa (bp). Hasil Basic Local Alignment Search Tool BLAST menunjukkan bahwa isolat UBB7 diidentifikasi sebagai Lactococcus cremoris strain 4136. Bakteri ini dapat diaplikasikan lebih lanjut sebagai probiotik, jika diteliti secara luas di masa depan untuk industri akuakultur
Downloads
References
Aminah, A., Ramadini, R., & Naid, T. (2019). Analisis Cemaran DNA Tikus pada Bakso Daging Sapi yang Beredar di Makassar dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Jurnal Farmasi Galenika (Galenika Journal of Pharmacy) (e-Journal), 5(1), 93–100. https://doi.org/10.22487/j24428744.2019.v5.i1.12036
Anggraini, L. M., Sagita, D., & Pratama, S. (2020). Sensitivitas Kombinasi Antibakteri Amoksisilin dan Kotrimoksazol. Journal of Healthcare Technology and Medicine, 6(1), 294–300.
Arief, & Subekti. (2014). Pengaruh pemberian probiotik berbeda pada pakan komersial terhadap pertumbuhan dan efisiensi pakan ikan lele sangkuriang (Clarias sp.). Jurnal Ilmiah Perikanan Dan Kelautan, 6(1), 5.
Belinda, D. P., Fadli, M. Z., & Risandiansyah, R. (2021). Perbandingan Kualitas dan Kuantitas Ekstrak DNA Staphylococcus aureus Antara Al Kaline Lisis dan Kit Berbasis Filter. Jurnal Bio Komplementer Medicine, 8, 1–8.
Chapot-Chartier, M. P., & Kulakauskas, S. (2014). Cell wall structure and function in lactic acid bacteria. Microbial Cell Factories, 13(Suppl 1), S9. https://doi.org/10.1186/1475-2859-13-S1-S9
Clarridge, J. E. (2004). Impact of 16S rRNA gene sequence analysis for identification of bacteria on clinical microbiology and infectious diseases. Clinical Microbiology Reviews, 17(4), 840–862. https://doi.org/10.1128/CMR.17.4.840-862.2004
Contente, D., Díaz-Rosales, P., Feito, J., Díaz-Formoso, L., Docando, F., Simón, R., Borrero, J., Hernández, P. E., Poeta, P., Muñoz-Atienza, E., Cintas, L. M., & Tafalla, C. (2023). Immunomodulatory effects of bacteriocinogenic and non-bacteriocinogenic Lactococcus cremoris of aquatic origin on rainbow trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum). Frontiers in Immunology, 14(April), 1–11. https://doi.org/10.3389/fimmu.2023.1178462
Dewanata, P. A., & Mushlih, M. (2021). Differences in DNA Purity Test Using UV-Vis Spectrophotometer and Nanodrop Spectrophotometer in Type 2 Diabetes Mellitus Patients. Indonesian Journal of Innovation Studies, 15, 1–10. https://doi.org/10.21070/ijins.v15i.553
Dewi Safrida, Y., Yulvizar, C., & Nanda Devira, C. (2012). Isolasi dan karakterisasi bakteri berpotensi probiotik pada ikan kembung (Rastrelliger sp.). Depik, 1(3), 200–203. https://doi.org/10.13170/depik.1.3.124
Drancourt, M., Bollet, C., Carlioz, A., Martelin, R., Gayral, J. P., & Raoult, D. (2000). 16S ribosomal DNA sequence analysis of a large collection of environmental and clinical unidentifiable bacterial isolates. Journal of Clinical Microbiology, 38(10), 3623–3630. https://doi.org/10.1128/jcm.38.10.3623-3630.2000
Eldar, A., Frelier, P. F., Assenta, L., Varner, P. W., Lawhon, S., & Bercovier, H. (1995). Streptococcus shiloi, the Name for an Agent Causing Septicemic Infection in Fish, Is a Junior Synonym of Streptococcus iniae. International Journal of Systematic Bacteriology, 45(4), 840–842. https://doi.org/10.1099/00207713-45-4-840
Faizati, W., Hastuti, S., Nugroho, R. A., Yuniarti, T., Basuki, F., & Nurhayati, D. (2021). The Effects of Stocking Density on Growth and Survival rate of Beong (Hemibagrus nemurus). Sains Akuakultur Tropis, 5(2), 136–146. https://doi.org/10.14710/sat.v5i2.3561
Falakh, F., & Astri, T. (2022). Uji Potensi Isolat Bakteri Asam Laktat dari Nira Siwalan ( Borassus flabellifer L .) sebagai Antimikroba terhadap Salmonella. Food Chemistry: X, 18(1), 40–45.
Jaya, G.I., Utami, S. N. U., Widada, J., Annisa Yusuf, W., Abbas, S., Fatturahman Ridwan, N., & Noviyanto, A. (2023). Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Pelarut Fosfat dari Tanah Rawa dengan Tingkat Kemasaman yang Tinggi. Jurnal Pertanian, 14(2), 102–110. https://doi.org/10.30997/jp.v14i2.9932
Hamidah, M. N., Rianingsih, L., & Romadhon, R. (2019). Aktivitas Antibakteri Isolat Bakteri Asam Laktat Dari Peda Dengan Jenis Ikan Berbeda Terhadap E. coli dan S. aureus. Jurnal Ilmu dan Teknologi Perikanan, 1(2), 11–21. https://doi.org/10.14710/jitpi.2019.6742
Hardjamulia, A., & Suhenda, N. (2017). Evaluasi Sifat Reproduksi Dan Sifat Gelondongan Generasi Pertama Empat Strain Ikan Baung (Mystus nemurus) di Keramba Jaring Apung. Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia, 6(3–4), 24. https://doi.org/10.15578/jppi.6.3-4.2000.24-35
Hasan, B., Iriani, D., Sumarto, & Warningsih, T. (2021). Utilization of Fermented Salted Marine Trashfish Meal for Replacing Fishmeal in Nemurus Catfish (Hemibagrus nemurus) Diets. IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 695(1). https://doi.org/10.1088/1755-1315/695/1/012054
Hill, C., Guarner, F., Reid, G., Gibson, G. R., Merenstein, D. J., Pot, B., Morelli, L., Canani, R. B., Flint, H. J., Salminen, S., Calder, P. C., & Sanders, M. E. (2014). Expert consensus document: The international scientific association for probiotics and prebiotics consensus statement on the scope and appropriate use of the term probiotic. Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology, 11(8), 506–514. https://doi.org/10.1038/nrgastro.2014.66
Hoseinifar, S. H., Khalili, M., & Sun, Y. Z. (2016). Intestinal histomorphology, autochthonous microbiota and growth performance of the oscar (Astronotus ocellatus Agassiz, 1831) following dietary administration of xylooligosaccharide. Journal of Applied Ichthyology, 32(6), 1137–1141. https://doi.org/10.1111/jai.13118
Islami, H. N., Sulistyaningtyas, A. R., Darmawati, S., & Ethica, S. N. (2019). Isolasi dan Identifikasi Molekuler Bakteri Proteolitik Staphylococcus warneri Strain IRLV2 pada Udang Putih (Litopeaneus vannemei) Berdasarkan Sekuen Gen 16S rRNA. Prosiding Mahasiswa Seminat Nasional Unimus, 2(1), 32–39.
Ismail, Y. S., Yulvizar, C., & Putriani. (2017). Isolasi, karakterisasi dan uji aktivitas antimikroba bakteri asam laktat dari fermentasi biji kakao (Theobroma cacao L.). Bioleuser, 1(2), 45–53.
Istiqomah, I., Atitus, I. N., Rohman, A. F., & Isnansetyo, A. (2019). Isolation of Cellulolytic Bacterium Staphylococcus sp. JC20 from the Intestine of Octopus (Octopus sp.) for Fish Probiotic Candidate. Jurnal Perikanan Universitas Gadjah Mada, 21(2), 93. https://doi.org/10.22146/jfs.39525
Kato, C., Mugaanyi, M., Majalija, S., Tamale, A., Musisi, N., & Sengooba, A. (2016). Isolation and Identification of Potential Probiotics Bacteria from the Gut of Oreochromis niloticus and Clarias gariepinus in Uganda. British Microbiology Research Journal, 17(5), 1–8. https://doi.org/10.9734/bmrj/2016/29721
KKP [Kementerian Kelautan dan Perikanan]. 2024. Produksi Perikanan Budidaya Ikan di Indonesia [online]. https://portaldata.kkp.go.id/portals/data-statistik/prod-ikan/summary
Liana, D., Wulan, R., Nofreeana, A., Program, A. S., & City, M. (2021). Isolation of Probiotic Candidate Lactic Acid Bacteria from the Intestines of Beong Fish (Hemibagrus nemurus) to Control Streptococcus agalactiae Bacteria. 39.
Melzana, I., Safika, S., Darmawi, D., Erina, E., Fakhrurrazi, F., & Azhar, A. (2021). 12. Isolate Of Bacteriua Cellulase Enzyme Production In The Rumen Of Aceh Cattle Base On Analysis Homology 16S rRNA. Jurnal Medika Veterinaria, 14(2), 174–182. https://doi.org/10.21157/j.med.vet..v14i2.3415
Mou, T. H., Ali, A., & Islam, M. (2020). Jurnal Pertanian Turki - Ilmu dan Teknologi Pangan Taman Atas. 8(1), 246–251.
Murtiyaningsih, H. (2017). Isolasi DNA genom dan identifikasi kekerabatan genetik nanas menggunakan RAPD (Random Amplified Polimorfic DNA). Agritrop, 15(1), 84–93.
Muslikha, Pujiyanto, S., Jannah, S. N., & Novita, H. (2016). Isolasi, karakterisasi Aeromonas hydrophila dan deteksi gen penyebab penyakit motile aeromonas septicemia (MAS) dengan 16s rRna dan aerolysin pada ikan lele (Clarias sp.). Jurnal Biologi, 5(4), 1–7.
Noer, S. (2021). Identifikasi Bakteri secara Molekular Menggunakan 16S rRNA. EduBiologia: Biological Science and Education Journal, 1(1), 1. https://doi.org/10.30998/edubiologia.v1i1.8596
Nugraha, F., Roslim, D. I., Ardilla, Y. P., & Herman. (2014). Analisis Sebagian Sekuen Gen pada Padi (Oryza sativa L.) Indragiri Hilir, Riau. Biosaintifika, 6(2), 70–79. https://doi.org/10.15294/biosaintifika.v6i2.3102
Pangemanan, E. F. S., Tasirin, J. S., & Saroinsong, F. B. (2019). Keragaman Genetik Pakoba: Studi Pendahuluan Keanekaragaman Pakoba. Prosiding Seminar Nasional Masyarakat Biodiversitas Indonesia, 5(2), 286–293. https://doi.org/10.13057/psnmbi/m050225
Perkasa, G. S. B., Nainggolan, A., & Dhewantara, Y. L. (2019). Uji Sensitivitas Antibiotik Terhadap Bakteri Aeromonas hydrophilla dan Edwardsiella tarda Skala Laboratorium (In Vitro). Jurnal Ilmiah Satya Minabahari, 5(1), 10–17. https://doi.org/10.53676/jism.v5i1.73
Petti, C. A. (2007). Detection and identification of microorganisms by gene amplification and sequencing. Clinical Infectious Diseases, 44(8), 1108–1114. https://doi.org/10.1086/512818
Rangian, L., Like Ginting, E., Wullur, S., Kaligis, E., Tilaar, S., Tumbol, R., Studi Ilmu Kelautan, P., & Perikanan dan Ilmu Kelautan, F. (2018). Amplifikasi Isolat Bakteri Sf1 Simbion Spons Facaplysynopsis sp. dari Perairan Tongkeina, Sulawesi Utara. Jurnal Ilmiah Platax, 6(2), 77–82.
Riadi, S., Situmeang, S. M. F., & Musthari, M. (2017). Isolasi dan Uji Aktivitas Antimikroba Bakteri Asam Laktat (Bal) Dari Yoghurt Dalam Menghambat Pertumbuhan Bakteri Escherichia coli dan Salmonella typhi. Jurnal Biosains, 3(3), 144-152. https://doi.org/10.24114/jbio.v3i3.8302
Rosari, R. (2014). Karateristik Pertumbuhan Bakteri Asam Laktat Indigenous Susu sapi Segar Sebagai Kandidat Bakteri Prebiotik dalam Saluran Pencernaan in vitro. Skripsi.
Sophian, A. (2021). Short Communication: Analysis of purity and concentration of extracted DNA on salted fish processed food products. Asian Journal of Natural Product Biochemistry, 19(1). https://doi.org/10.13057/biofar/f190104
Srifani, A., Mirnawati, M., Marlida, Y., Rizal, Y., Nurmiati, N., & Lee, K. W. (2024). Identification of novel probiotic lactic acid bacteria from soymilk waste using the 16s rRNA gene for potential use in poultry. Veterinary World, 17(5), 1001–1011. https://doi.org/10.14202/vetworld.2024.1001-1011
Wahjuningrum, D., Ashry, N., & Nuryati, D. S. (2008). Pemanfaatan Ekstrak Daun Ketapang Terminalia cattapa untuk Pencegahan dan Pengobatan Ikan Patin Pangasionodon hypophthalmus yang Terinfeksi Aeromonas hydrophila. Jurnal Akuakultur Indonesia, 7(1), 79–94.
Wei, C., Liu, J., Zhang, C., Liu, J. Y., & Lu, Y. M. (2024). Clinical outcomes of SMILE and WFG-LASIK used to treat myopia and astigmatism: A systematic review and meta-analysis. Journal Francais d’Ophtalmologie, 47(4), 11–17. https://doi.org/10.1016/j.jfo.2024.104085
Widayanti, R., Kusumaastuti, K. A., Novi, J. M., Adani, F. K., Gultom, C. P., Prastiti AD, Nugroho HA, Pakpahan, S. (2021). Genetic variation and phylogenetic analysis of Indonesian indigenous catfish (baung fish) based on mitochondrial 12S rRNA gene. Veterinary World, 14(3), 751–757.
Widyasari, D. Eko Sugeng Pribadi, D. E., Pasribu, F. H. Septiningtyas, W., Adiputra, J. (2020). Melacak Kekerabatan Brucella sp. Menggunakan Teknik Reaksi Rantai Polimerase dengan Primer Pendek. Jurnal Veteriner, 21(36), 493–502. https://doi.org/10.19087/jveteriner.2020.21.4.493
Yuanawati, D., Farizky, H. S., Santanumurti, M. B., Jamal, M. T., Sani, L. M. I., Madduppa, H., & Sari, P. D. W. (2022). The newest COI molecular detection of Asian redtail catfish Hemibagrus nemurus (Valenciennes, 1840) in Progo River, Magelang, Central Java, Indonesia. Journal of Advanced Veterinary and Animal Research, 9(4), 591–600. https://doi.org/10.5455/JAVAR.2022.I628
Yuhana, M., Normalina, I., & Sukenda. (2008). Pemanfaatan ekstrak bawang putih Allium sativum untuk pencegahan dan pengobatan pada ikan patin Pangasionodon hypophthalmus yang diinfeksi Aeromonas hydrophila. Jurnal Akuakultur Indonesia, 7(1), 95–107.
Yulintine, Harris, E., Jusadi, D., Affandi, R., & Alimuddin. (2012). Perkembangan Aktivitas Enzim Pada Saluran Pencernaan Larva Ikan Betok (Anabas testudineus bloch). Bionatura-Jurnal Ilmu-ilmu Hayati dan Fisik, 14(1), 59–67.
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2025 AQUACOASTMARINE: Journal of Aquatic and Fisheries Sciences
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
